西湖大学Guomics实验室寒假实习开放申请

从AI肽测序到自动化虚拟扰动平台

申请截止时间：2026年10月31日中午12时
实习时间：寒假期间（线下全职4–6周）+ 寒假前线上远程参与（每周>20小时）
实习地点：西湖大学云栖校区
联系人：罗老师｜luonianzi@westlake.edu.cn
邮件主题格式：【寒假实习+姓名】
邮件正文请注明意向项目名称

🔍 实验室简介：Guomics（蛋白质组复杂科学实验室）

• 隶属西湖大学、西湖实验室（生命科学和生物医学浙江省实验室）、医学蛋白质组全国重点实验室；
• 聚焦蛋白质组学 × AI for Science交叉研究，方向包括：
• 虚拟细胞建模与系统生物学
• 宏蛋白质组/空间蛋白质组新技术开发
• 多组学整合分析与疾病机制解析
• 拥有先进平台：Orbitrap Astral质谱仪、自动化样本制备系统、高性能计算集群；
• 成果发表于 *Cell*、*Nature* 等顶级期刊；团队成员覆盖生物学、医学、计算机科学、统计学、工程学等多学科背景。

🌟 本次开放两个科研实习项目

项目一｜具有跨物种泛化能力的从头肽测序

——揭示宿主-微生物共生体系中的功能性肽与蛋白质

英文标题：*Cross-species generalizable de novo peptide sequencing uncovers functional peptides and proteins in host-microbial symbioses*

▸ 项目简介

MassNet-meta项目致力于构建面向AI的蛋白质组质谱数据集，并基于创新模型架构训练跨物种泛化的从头肽段测序模型，用于发现新型功能性肽组（如抗菌肽AMP、神经肽、激素）及蛋白质组“暗物质”。

▸ 预期成果

• 掌握质谱驱动的肽段/蛋白鉴定全流程、从头测序原理与生物信息学分析方法；
• 参与质谱数据清洗、标注、模型训练/测试/应用；
• 协助撰写或投稿相关学术论文；
• 积累AI for Science与计算生物学交叉研究经验。

▸ 实习要求

• 时间安排：寒假前线上远程（≥20小时/周） + 寒假期间线下全职（4–6周）；
• 必备技能：Python编程基础；
• 优先考虑（满足其一即可）：
• 分子生物学 / 生物化学基础知识；
• 蛋白质组或生物信息数据分析经验；
• 深度学习建模经验（PyTorch/TensorFlow等）；
• 对计算生物学有热情，具备自主学习能力与问题解决意识。

▸ 项目负责人

孙莹莹 助理研究员

• 南京大学生物学博士（2018–2021），聚焦基因组超突变机制；
• 2021年起从事宏蛋白质组大数据研究，开发高灵敏4D宏蛋白质组分析流程；
• 主导舌苔宏蛋白质组胃癌筛查、肠道菌群功能解析、大语言模型驱动的宏蛋白质组预训练模型研发。

项目二｜自动化高通量细胞/类器官实验与多组学虚拟扰动平台

——构建药物响应预测与机制解析的虚拟细胞系统

英文标题：*An automated high-throughput platform for cell/organoid perturbation and multi-omic data generation*

▸ 项目简介

搭建集自动化细胞/类器官培养、高通量药物扰动、多组学联合检测（转录组+蛋白组等）于一体的实验平台，并基于多维数据构建虚拟扰动模型，实现对药物效应的系统性预测与生物学机制解析。

▸ 预期成果

• 理解自动化细胞培养与高通量扰动实验的设计与落地流程；
• 学习多组学联合检测技术（RNA-seq、TMT/LFQ蛋白组等）及质量控制要点；
• 参与多组学数据整合分析、特征工程与虚拟扰动模型构建实践。

▸ 实习要求

• 时间安排：线下全职实习 ≥4周（建议连续）；
• 必备基础：
• 分子生物学常规实验技能（如细胞培养、Western blot、qPCR等）；
• 组学数据分析基础（R/Python处理表达矩阵、差异分析等）；
• 优先考虑：有自动化仪器（如Hamilton工作站、BioLector、液体处理机器人等）操作或调试经验；
• 具备主动思考能力、良好沟通习惯与科研记录意识；
• 表现优异者可延续参与项目并共同署名论文。

▸ 项目负责人

许梓妍 博士后研究员

• 复旦大学化学生物学博士（2020–2025），专注空间蛋白组学方法开发与临床多组学研究；
• 开发膨胀空间蛋白组技术解析肿瘤空间异质性；
• 整合蛋白组/转录组/基因组挖掘预后标志物与治疗靶点；
• 现聚焦空间蛋白质组新方法与高通量多组学自动化平台建设。

🧭 我们期待这样的你

我们不苛求“全能型选手”，更看重以下特质：

✅ 稳定的时间投入
科研需连续推进，请提前协调好寒假安排，尽量全程参与。

✅ 自驱力与学习韧性
遇到问题愿先查阅文献、尝试复现、形成初步判断，再主动讨论。

✅ 及时沟通与结构化汇报
按阶段参与组会讨论，及时反馈进展与卡点，养成清晰表达习惯。

✅ 规范的科研记录意识
代码、分析脚本、实验步骤、结果解读均需完整归档，确保可复现、可传承。

✅ 欢迎低年级本科生！
研究经历非硬性门槛——扎实的基础、强烈的好奇心与持续投入意愿，同样珍贵。

📋 申请须知

▸ 申请对象

• 海内外高校2027届、2028届优秀本科/硕士应届毕业生；
• 也欢迎非应届但具科研热情的在读生或已毕业同仁申请。

▸ 专业背景要求（满足其一即可）

• 计算机科学、人工智能、生物信息学、生物学、医学、数学、统计学等相关专业；
• 具备Python等编程能力 或 生物学/蛋白质组学基础；
• 对AI for Science、计算生物学、系统生物学有浓厚兴趣；
• 优先考虑：深度学习项目经验、组学数据分析经验、系统建模经验；
• 英语听说读写流利，身心健康，品学兼优。

⚠️ 注：各项目具体要求以本公告中对应条目为准；线下实习生可享部分住宿补贴。

▸ 申请材料（缺一不可）

1. 个人简历（CV）：突出相关课程、项目、技能与成果；
2. 动机信（Motivation Letter）：请手写撰写，严禁AI生成；说明申请动机、匹配优势、未来规划；
3. 推荐信：由导师或所在学院/单位出具（PDF扫描件，需含签名与联系方式）。

▸ 提交方式

发送至：luonianzi@westlake.edu.cn

• 邮件主题：【寒假实习+姓名】（例：【寒假实习+张三】）
• 邮件正文：注明意向项目（项目一 / 项目二 / 均感兴趣）及可实习时间段

🌐 延伸了解

• 往届实习生去向：北京大学未来技术学院、剑桥大学、牛津大学、新加坡国立大学、Stowers Institute等；
• 代表性成果：
• *Nature*：人体最精最全蛋白质“地图”；
• *Nature*：具备临床潜力的虚拟细胞垂类模型；
• *Nature*述评：酵母虚拟细胞构建范式；
• 更多阅读：
• [2025 AI虚拟细胞Guomics暑期实习感悟]
• Guomics官网（点击“阅读原文”访问）

*Guomics Lab · Westlake University*
*探索生命复杂性，用AI重写生物学规则*